El Sistema Hidrológico de Soncor se inserta en la cuenca endorreica del Salar de Atacama, se caracteriza por presentar una costra conformada por distintos tipos de sales, principalmente de cloruros y de sulfatos. Existe además un sistema hidrológico conformado por una serie de canales superficiales y cuerpos lagunares que en conjunto constituyen un hábitat preferente de aves acuáticas, varias de las cuales se encuentran con problemas de conservación, como son las tres especies de flamenco altoandinos Phoenicopterus chilensis, Phoenicoparrus jamesi y Phoenicoparrus andinus, siendo esta última especie la que encuentra en las lagunas Barros Negros, Chaxas y Puilar de este sitio, su centro reproductivo más importante a nivel mundial. Además, dichos cuerpos lacustres representan puntos de reabastecimiento energético para algunas especies de aves acuáticas migratorias interhemisféricas, como son el playero de Baird (Calidris bairdii) y el pollito de mar tricolor o pollito de Wilson (Steganopus tricolor), entre otros.