La Puna es un ecosistema de gran altitud de los Andes Centrales que se encuentra en las mesetas del desierto por encima de los 3500 msnm, que cubre partes del noreste de Chile, el noroeste de Argentina, el sudeste de Perú y medio oeste de Bolivia. Se caracteriza por la presencia de cuencas endorreicas. Laguna Lejía es un lago somero, oligohalino, con pH alcalino, que se encuentra en la puna de Atacama por encima de 4000. Está rodeada de volcanes, en una cuenca cerrada de alto interés científico por su insularidad ecológica que ha sido designado por las autoridades gubernamentales sitio prioritario para la conservación de la biodiversidad. El objetivo de este estudio es analizar la composición específica y estructura del zooplancton de este lago somero. Se muestreó en marzo de 2012 (verano septentrional) en 13 estaciones abarcando el lago y dos cuerpos de agua adyacentes, extrayéndose muestras de zooplancton para el análisis cuali y cuantitativo. En terreno se caracterizaron los cuerpos de agua y se midieron los parámetros pH, temperatura del agua, conductividad y oxígeno disuelto, con equipo portátil. Los resultados indican que el tipo de ensamble zooplanctónico se ajustaría relativamente a lo observado para otros humedales altoandinos de baja salinidad, no obstante no se encontraron copépodos calanoideos. Las especies encontradas han sido reportadas para zonas altoandinas y lagos someros altoandinos de países limítrofes a Chile. La ausencia de especies de amplia distribución geográfica que son propias de ambientes altoandinos de baja salinidad se debería presumiblemente a que la presencia de barreras geográficas y ambientales evitarían su colonización por otras especies.