La limnología de los humedales interiores en Tarapacá presenta ciclos productivos altamente dependientes de las lluvias estivales y las condiciones fisicoquímicas del medio. Entre 2013 y 2015 se estudiaron ensambles planctónicos de dos lagunas de evaporación y dos quebradas, durante dos temporadas productivas y dos vegetativas, junto con esto se analizaron las condiciones fisicoquímicas asociadas. Los resultados mostraron que el fitoplancton en general estuvo dominado por diatomeas y sólo en una quebrada por algas verdes, mientras que el zooplancton presentó composiciones muy distintas entre las lagunas y entre las quebradas, con importantes variaciones temporales. En lagunas, las densidades altas de zooplancton se asociaron positivamente con sólidos disueltos totales y su diversidad se asoció inversamente con la temperatura. Por otra parte, la diversidad de fitoplancton mantuvo una relación inversa con la riqueza de zooplancton.