Hasta ahora, la Reserva Nacional Lago Jeinimeni no contaba aún con un Plan de Manejo oficial. Sin embargo la oficina regional de Aysén a través de los Profesionales Nelson Alvear y Manuel Henríquez elaboro? una Guía de manejo de la Reserva Nacional Lago Jeinimeni que data del año 1987, previo a la última modificación de su decreto de creación (1998) y consecuente superficie actual, que pese al tiempo transcurrido y a que los recursos asignados para su elaboración no fueron los óptimos, aporta datos bastante certeros y de excelente calidad, que constituyen un importante insumo para el actual proceso de elaboración del Plan de Manejo de la Reserva Nacional Lago Jeinimeni. Es pertinente mencionar que ya en 1987 se estaba trabajando en la definición del territorio que abarca actualmente la reserva, tal como se puede apreciar textualmente en el siguiente párrafo de la Guía de Manejo mencionada, que anexaba parte de la Ex Reserva Forestal Lago General Carrera al territorio que ya pertenecía a Reserva Forestal Lago Jeinimeni.