La administración de la Reserva Nacional Pingüino de Humboldt tiene dependencia jerárquica y funcional de CONAF región de Coquimbo. Sin embargo, existe un Jefe de Area del sector Chañaral que es dependiente de CONAF Región de Atacama. En ese contexto Isla Choros y Damas dependen jerárquica y administrativamente de la región de Coquimbo, e Isla Chañaral depende de la región de Atacama. Ello, considerando la dependencia funcional del referido Jefe de Area, respecto del Administrador de la Unidad, y las coordinaciones (también funcionales) de las instancias operativas, tácticas y estratégica de las oficinas provinciales y regionales de ambas regiones.