El área andina del norte de Chile se caracteriza por presentar un clima desértico-estepárico, donde los escasos recursos hídricos existentes han dado lugar a sistemas vegetacionales saturados de agua, conocidos como vegas y bofedales. Los usos de los sistemas son brebaje de ganado, riego de pastizales y en ciertos lugares, fuente de agua para consumo. Se desconoce la calidad sanitaria de estas aguas, aunque la población aledaña percibe problemas de salud en relación al agua. En este trabajo se analizó in situ, aguas de bofedales y vegas de la zona, incluyendo las fuentes de agua (ojo de agua), y se las clasificó según presencia/ausencia de contaminación de origen fecal. Los resultados indicaron que el 38% (25/66) de las aguas eran de buena calidad sanitaria y aptas para todo uso; el 62% (41/66) objetables para consumo humano y el 33% (22/66) de calidad incierta para riego superficial. Los niveles de organismos indicadores detectados en las aguas confirmaron la necesidad de tratamiento para consumo humano, y definieron su idoneidad para uso irrestricto en agricultura.