La incubación de los huevos de ñandú en condiciones de cautiverio ,es el paso mas importante para esta alternativa de producción aviar, junto con la cría de las charitas (o pollos de ñandú), ya que ,los errores cometidos a este nivel tienen una gran repercusión económica, pudiendo afectar un año completo de trabajo e inversión. La incubación de huevos de ñandú de criadero, puede realizarse en forma natural o artificial siendo la incubación artificial o en el complementos de ambas, el método más recomendado por presentar una mayor eficiencia productiva.