La misión hoy de la Dirección General de Aguas es ser el organismo del Estado encargado de planificar el desarrollo del recurso en las fuentes naturales de aguas del país, en función de su uso racional, para lo cual debe investigar y medir los recursos hídricos; ejercer la labor de policía y vigilancia de las aguas en los cauces naturales de uso público y supervigilar el funcionamiento de las organizaciones de usuarios; generar bases de datos necesarias y orientar su utilización en función de los intereses superiores de la Nación.