Las actividades desarrolladas en el marco del Programa de Protección Fitosanitaria Forestal y Especies Exóticas Invasoras se insertan en el Departamento de Manejo y Desarrollo Forestal, integrándose con otros programas como son el de Forestación Campesina, Programa Nacional de Transferencia Técnica Forestal (PNTTF) y el Proyecto Conservación y Manejo Sustentable de Bosque Nativo (CMSBN); las tareas que se realizan pretenden por una parte, evaluar los daños asociados a plagas, enfermedades y especies exóticas invasoras sobre los ecosistemas forestales, ya sean plantaciones o bosque nativo, y por otra, minimizar los efectos de agentes dañinos a través del manejo integrado de plagas.