En cuenca del río Loa, se desarrolla una variada flora y fauna, además, en su desembocadura existen condiciones ambientales que favorecen el desove de especies marinas de importancia comercial. Por otra parte, sustenta una amplia variedad de actividades agropecuarias e industriales. Desde el punto de vista ambiental, el río Loa ha sido afectado por episodios de contaminación que han alterado la calidad de sus aguas, poniendo en riesgo la sustentabilidad ambiental de este ecosistema y afectando las diversas actividades que se desarrollan en su cuenca. Con el objetivo de establecer la causa de estos episodios contaminación, el Servicio Agrícola Ganadero ha realizado durante y después de éstos, un monitoreo de las aguas del río Loa. De acuerdo a las agentes químicos encontrados en distintos puntos del curso del río Loa y a sus concentraciones, indican que el fenómeno correspondería a una contaminación de origen antropogénico. La cual es potenciada por un fenómeno natural como lo es la crecida del río originada por las lluvias estivales del invierno altiplánico.