Dentro de los fundamentos para la creación del Parque cabe destacar que la cordillera de la costa de la región de Los Ríos es uno de los lugares con alto valor para la conservación de la biodiversidad en Chile, reconocido por distintos autores (WWF 2004, Muñoz et al. 1996, CONAMA 2004, CONAMA 2005), debido a la presencia de numerosas especies endémicas, de distribución limitada a esta cordillera, siendo en algunos casos, los últimos representantes vivos de antiguos linajes de flora y fauna que encontraron refugio en los bosques costeros durante los sucesivos períodos glaciares acaecidos a lo largo del último millón de años (Smith Ramírez et al. 2005). En el Parque es posible encontrar más de cinco ecosistemas, 24 comunidades vegetales destacando Alerce-coihue de Chiloé, canelo-coihue de chiloé, y coihue de chiloé-tepa (con el 60% de la superficie), al menos 90 especies de fauna entre las cuales 36 se encuentran con algún grado de amenaza, sobre 50 especies de flora con al menos el 10% amenazadas.