La aplicación de estrategias integradoras, a través del uso de parámetros físicos, químicos, biológicos y ecológicos, ha permitido una adecuada evaluación de la salud de los ecosistemas acuáticos y en particular de aquellos que se encuentran en los ríos. Numerosos métodos de prevención y restauración han sido desarrollados a partir del conocimiento de la condición ambiental de los ríos. La aplicación de este tipo de instrumentos en nuestro país podría ser de bastante utilidad para evaluar la salud de los ecosistemas acuáticos, los cuales están sometidos a un nivel elevado de perturbaciones naturales y antrópicas. La implementación de estos instrumentos requiere en forma previa de su calibración y validación, debido a que la flora y fauna que dieron origen a los bioindicadores es diferente a la nuestra. Por ende, antes de aplicar los índices desarrollados en el extranjero, es necesario conocer que tipos de organismos viven aquí, cuales son sus requerimientos ambientales y su distribución geográfica. Debe igualmente tenerse en cuenta, que dentro de los métodos existentes, los hay desde los más simples, en los cuales bastaría utilizar sólo grupos mayores de organismos (por ejemplo al nivel de órdenes y familias: Índice Biótico Extendido, Getti 1986), hasta los más complejos como el sistema saprobio alemán, el cual exige llegar hasta nivel de especie. El conocimiento en nuestro país de la flora y fauna acuática de agua dulce aún es escaso e incompleto (sobre todo el grupo de los macroinvertebrados bentónicos, no así el caso de las microalgas), situación que limita fuertemente el uso de los bioindicadores.