Los procesos geológicos formaron y forman las rocas y los acuíferos, pero procesos geológicos posteriores lograron y pueden transformar esas rocas y aún destruir tales acuíferos. Rocas nuevas se formaron y se extendieron sobre rocas antiguas en una serie de estratos. Mientras las rocas ígneas, metamórficas o sedimentarias se van formando, procesos geológicos continuos están alterando esas mismas rocas en varias formas que mejoran o dañan sus propiedades hidrogeológicas. En escala geológica de tiempo esos procesos están ocurriendo: montañas se elevan o bajan; valles se están rellenando o profundizando; las costas avanzan y retroceden y los acuíferos se están formando o destruyendo.