La Dirección General de Aguas tiene entre sus principales funciones, el estudio continuo de las fuentes de agua, con el objetivo de lograr un aprovechamiento sustentable de dichos recursos hídricos. Además, utilizando como marco legal lo establecido en el Código de Aguas y en el Reglamento de Aguas Subterráneas, debe gestionar las solicitudes de derechos de aprovechamiento de aguas, para ya sea constituirlas como derechos definitivos o provisionales, o denegarlas en mérito de los antecedentes administrativos, técnicos y legales correspondientes.